海关不一定能查出的，因为出口商品向海关申报时只需要提供品名，在你们的商标备案后，海关会要求其他同样商品出口时也提供商标名称或商标使用授权书，但海关不可能每票货都查验以核实真伪，只能按一定的查验率去查货。

其实商标在海关备案后，不能杜绝别人假冒使用，但可以起一个警示作用。

另外如果没有备案的话，要求海关查扣别人的假冒货，需要商标所有人交纳被扣货物等值的保证金，否则海关有权不与配合，现在在海关备案后，只有你们提出查扣别人的货，海关就会配合你们的行动，当然由此产生的后果由你们自负。