两种药物都是半合成的青霉素类抗生素，母核结构都为6-APA（6-氨基青霉烷酸）。

不同之处主要在以下两个方面。

1.化学结构。

青霉素类抗生素都是由6-APA这一母核结构引入不同的侧链得到的，所以在化学结构上，萘夫西林钠和磺苄西林钠的侧链结构是不同的。

2.抗菌谱和适应症。

萘夫西林钠主要用于治疗产青霉素酶的金黄色葡萄球菌等革兰氏阳性菌引起的感染，对革兰氏阴性菌的抗菌作用极小，所以抗菌谱较窄。

而磺苄西林钠是半合成的抗假单胞菌属的青霉素类抗生素，抗菌谱比萘夫西林广得多，对包括绿脓杆菌在内的革兰氏阴性菌（大肠杆菌、变形杆菌等）有强大的抗菌作用，对部分革兰氏阳性菌的抗菌作用（如溶血性链球菌、肺炎链球菌等）也较强，但对产青霉素酶的金黄色葡萄球菌等细菌的作用不如萘夫西林钠强。

所以磺苄西林钠更适合用于治疗革兰氏阴性菌感染。