主要区别在于所得税的税率不同，查账征收一般纳税人的税率是利润的25%，而核定征收则是按收入的3%之类的，或是按成本去计算。

如果企业的成本费用不能准确核算或是收入不能准确核算，就采用核定征收。

对于所得税则各有利弊，如果有足够的成本发票来冲收入，减少利润，采用查账征收就比较有利！比如1000元收入，如果有800元成本费用发票，则利润为200元，所得税税率在查账征收25%和核定征收3%情况下，两者所交所得税都是50元。

如果成本费用发票比800元大，那就采用查账征收比较有利。