《心灵法医》的结局中，明川（聂远 饰）虽然遭遇了重重嫌疑和挑战，但最终洗清了干尸案的罪名。原来，干尸案的真正凶手是郎世明（张光北 饰），他为了掩盖自己的身份，杀害了多人，包括李卓和吕院长等人。在剧情中，郎世明的BOSS属性早已被众人知晓，而明川的嫌疑画像和酒吧画像等情节，都是剧情的铺垫和转折。

最终，郎世明难逃法网，长达30年的干尸案得以结案。明川的好友罗笔芯（宋轶 饰）虽然一度被抓，但并未遭受生命危险。在大结局中，罗笔芯选择留在鹏海，而明川和他的师傅也实现了对正义的坚持和追求。

此外，剧中还涉及到了其他案件和情节，如丈夫因外遇导致妻子不幸身亡的情节，以及明川与罗笔芯之间的情感线索等，都为剧情增添了丰富的层次和情感深度。